3、卫：下辖5个千户所，共5600人。设指挥使一人，正三品;指挥同知二人，从三品;指挥副使(指挥佥事)，正四品;镇抚二人，从五品。
4、千户所：分驻重要府州，下辖10个百户所，共1120人。设正千户一人，正五品;副千户两人，从五品;镇抚二人，从六品。
5、百户所：分驻军事要冲和各县，下辖2个总旗，共112人。设百户一名，正六品。
6、总旗：辖5个小旗，共50人。设总旗一人，正七品。
7、小旗：编制10人。设小旗一人，从七品。
边军
明朝建国后先设九大塞王，统辖漠南诸卫所。永乐之后漠南诸卫所逐渐废除或内迁，后于红熙年间设立九边重镇，分别为辽东镇、蓟州镇、宣府镇、大同镇、山西镇、延绥镇、宁夏镇、固原镇、甘肃镇。九边重镇是明朝和蒙古残余势力防御作战的重要战线。
洪武二年(1369年)始设总兵官，无定职、无品级，通常为公侯或地方都督兼任。洪熙元年(1425年)二月，为了统率边军，始颁将军印在诸边将，其中总兵4人、参将4人，但无品级，无定员。其中镇守蓟镇的总兵不得称将军挂印。
总兵官成为镇守地方的最高军事长官后，改变了练兵将领不能指挥作战，指挥作战的将领又不管练兵的问题，一定程度提高了军队战斗力，但也存在着总兵称霸一方、拥兵自重的可能。于是，遇到战争时，朝廷又要向下派遣巡抚，参与军队管理，从而反削弱总兵官的权力。
此外，边军还设有副总兵、游击将军、坐营官、守备、把总、提调官等，但似乎并无相应的品级。